核酸（DNA）对于波长250-260mm的紫外线，有特别容易吸收的倾向。这就是为什么这种波长的紫外线杀菌能力较强的缘故。按照要杀灭的微生物所需的紫外线照射量进行来菌处理，而又不使水质发生任何变化，在极短时间内进行一闪性灭菌，效果良好。而且，这种处理是在直管流通型的装置内完成的。在紫外线杀菌方面，杀菌力的大小以相对于处理水时的紫外线照射量mw.s/cm2(紫外线照射强度[mw/cm2时间]）来表示。
紫外线杀菌器具有无死角、光射条件好、能耗低、设备安装拆卸灵活方便，无二次污染等特点，紫外线杀菌器相对杀菌，他具有不需要添加化学药剂，无二次污染，无混合设备，大大减少设备运行成本，如果是饮用水，紫外线杀菌器安全，不会因为药剂的过量而对人体产生不利的影响。
紫外线照射击量的大小与杀菌率的大小有相关关系。各种微生物对紫外线的敏感程度，因菌的种类的不同而有差异。根据以芽孢属(Bacillus)为对象(含B.subtlis)进行的工厂试验结果表明，在照射量D10=mw.s/cm2时，杀菌率达到99.5%。
