有机生物菌肥中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的15-20%，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。
再对各种农牧业物料进行堆制，以加快其发酵过程，缩短有机生物菌肥的周期，同时还提高堆肥质量及成熟度。另外还有将微生物肥料作为土壤净化剂使用。。
有机生物菌肥采用微生物肥料与化肥配合搭配施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。。