小作坊食品生产许可证办理主要有以下几方面困难：1、生产场地：取食品生产许可证对生产场地的选址，工艺流程，要求物流要分开防止交叉污染，配备消毒设备，通风系统，采光等都有严格要求。2、生产人员：食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训化验员.3、设备设施：取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.以上就是小作坊食品生产许可证办理方面的问题，对比一般食品生产厂商可能具有一定的难点，请专业的人员来协助办理，才好少走弯路，节省时间。
1、申请食品生产经营许可证申请报告；2、申请企业所属地市级卫生局卫生许可证申请书；3、申请企业名称预先核准通知书复印件；4、申请企业卫生管理组织架构名单；5、申请企业所属各类场所卫生管理制度；6、申请企业食品生产主要设备清单；7、提供打印图，且需要表明尺寸、面基和经营单位名称；8、申请企业从业人员健康证和卫生知识培训证。
办理流程 1.填写食品流通许可证申请书 2.到窗口递交相关资料 3.场地审核 4.证件核发