食品生产小作坊需要办理的证件：1、工商营业执照：到所在地工商行政管理局（所）办理工商营业执照。2、健康证：到所在地疾病预防控制中心体检并办理健康证。3、食品流通许可证：需带上及复印件、健康证、房屋产权证（或租房合同）等资料到所在地食品药品监督管理局（所）办理食品流通许可证。4、小作坊食品生产许可证：到所在地食品药品监督管理部门申请登记办理。
小作坊食品生产许可证：到所在地食品药品监督管理部门申请登记办理。办理小作坊食品生产许可证需提供的资料1、营业执照原件及复印件；2、经营者的原件及复印件；3、经营者及从业人员健康证原件及复印件；4、食品生产加工场所周边环境图、平面布局图（图纸需打印）；5、食品生产主要设备、设施；6、主要食品原辅料清单；7、保证食品小作坊食品安全的规章制度；8、执行的食品安全标准、地方标准或企业标准;9、生活饮用水安全检测报告；10、所加工食品的检验合格报告或者食品主要安全指标合格证明。
食品经营许可证申请的主体想要申请食品经营许可，首先要取得合法的主体资格，例如获得营业执照、法人登记证或者获得社会团体登记证。食品经营许可具体审查条件，各类食品经营单位的具体审查标准可以参考《深圳市食品经营许可审查标准(试行)》；申请人5年内不得有被吊销经营许可证的情况。同理，被吊销食品经营许可证的法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员从处罚决定之日起，5年内不得申请食品经营许可。隐瞒实情获得食品经营许可的，将在1年内不能申请。被许可人以欺骗、等不当方式获得许可的，被许可人3年内不能再次申请。