食品生产小作坊需要办理的证件：1、工商营业执照：到所在地工商行政管理局（所）办理工商营业执照。2、健康证：到所在地疾病预防控制中心体检并办理健康证。3、食品流通许可证：需带上及复印件、健康证、房屋产权证（或租房合同）等资料到所在地食品药品监督管理局（所）办理食品流通许可证。4、小作坊食品生产许可证：到所在地食品药品监督管理部门申请登记办理。
小作坊食品生产许可证办理主要有以下几方面困难：1、生产场地：取食品生产许可证对生产场地的选址，工艺流程，要求物流要分开防止交叉污染，配备消毒设备，通风系统，采光等都有严格要求。2、生产人员：食品生产许可证审核,要求必须要有实验室,满足产品出厂检验要求。化验员执证上岗，所以需要企业自己去培训化验员.3、设备设施：取证有明确的生产设备和检测设备要求.而小作坊对这些设备的投入费用一般都很难承担.以上就是小作坊食品生产许可证办理方面的问题，对比一般食品生产厂商可能具有一定的难点，请专业的人员来协助办理，才好少走弯路，节省时间。
根据《中华共和国食品安全法》、《中华共和国行政许可法》、食品品监督管理总局《食品经营许可管理办法》、《食品经营许可审查通则（试行）》等有关规定：食品销售经营者、餐饮服务经营者、单位食堂三种主体都应当取得《食品经营许可证》。