钻孔制作难点：选用高TG、高速、高频、厚铜类特殊性板材，增多了钻孔粗糙度、钻孔毛刺和去钻污的难度系数。层数多，累计总铜厚和板厚，钻孔易断刀;密集BGA多，窄孔壁间距导致的CAF失效问题;因板厚很容易导致斜钻问题。
内部电路制作的难点：高层PCB电路板选用高TG、高速、高频、厚铜、薄介质层等特殊材料，对内部电路制作和图形尺寸控制提出了很高的要求。例如，阻抗信号传输的完整性增大了内部电路制造的难度系数。线宽和线间距小，开路和短路增多，短路增多，合格率低;
层间对准的难点：由于高多层PCB电路板层数很多，客户对PCB电路板的层校准要求也是越来越高。一般来说，层相互间的对准公差控制在75微米。考虑到高层PCB电路板板单元尺寸大、图形变换车间环境温湿度大、不同芯板不一致性导致的位错重叠、层间定位方式等，使得高层板的对中控制会更为困难。