核发的排污许可证是是企业排放污染物的“天花板”，是企业守法的基本要求，满足这些要求是企业基本的法定义务，这也是排污许可证作为企业守法、政府执法、公众监督依据的由来。换言之，对于应当承担的环保责任完全相同的两个企业，不论实际排放情况如何，排污许可证核定的排放量和管理要求将会是一致的。《方案》同时还规定了，对于申请材料存在疑问、企业环境信用不好、有环境举报投诉等情况的，环保部门可开展现场核查。
排污许可证目前采用的是网上申领的方式，填一些表、传一些资料，只要符合条件，通过审查就能拿到证，程序并不复杂。但是问题来了，排污许可证是不是发完就了事了呢？不存在的！这就是为什么企业要严格按照排污许可证排污，不得超标、超总量的原因。查出问题之后不仅会撤销你的许可证，还可能视情节严重的程度对你进行处罚，现在有多个省市针对排污许可证后续问题，开展了拿证后监督检查。
为较好的判断污染治理措施发生变化后环境影响变化情况，环保部门将依据排污许可证推进时间进度安排，按行业逐步出台各行业污染治理佳可行技术指南，如果企业治理措施的变化均在可行技术范围内，且不新增污染物种类，则认为其污染物排放量在允许范围内，无需申请变更排污许可证；如不在此范围内，企业需要提供证明材料和监测数据，并向环保部门申请变更排污许可证。