深孔钻床是刀具工作部分大都处于已加工表面的包围之中，因此存在刀具的刚度、排屑、导向及冷却润滑等问题，深孔钻床的钻头的刚性差、钻孔时极易“引偏”，这是因为钻头直径受到加工孔的限制，且钻头一般较长，同时又要求在钻头上有尽可能大的容屑槽以利排屑，使得钻芯变细，因而刚性较差。
数控深孔钻床经过反复试验，1个深孔加工动作宜采用“三级加工法”：定位钻削、导向钻削及正常钻削，称为“三级钻孔技术”。三级钻孔需要根据不同的钻孔深度采用不同的切削速度，目前机床自带的数控钻孔指令只能完成1个钻孔深度和1个切削速度。
深孔钻头分为焊接式深孔钻头和机加式深孔钻头，深孔钻头都是采用内排屑，机加式深孔钻头的刀片是可以互换的，机加式深孔钻头的刀体可以持久使用，刀片可以换下。