抽速是分子泵的***参数，提高转速是加大抽速为直接的方法之一，随着动平衡技术的发展，分子泵转子可顺利地在超高转速下稳定运转。随着材料科学的发展，分子泵转子材料也发生了变化，可用硬铝合金、碳纤维、钛合金等高硬度材料制成，这使转子的转速得到进一步提高。
分子泵必须在分子流状态下工作，在分子流范围内，气体分子的平均自l由程长度远大于分子泵叶片之间的间距，而气体分子的平均自a由程长度会随着容器压力下降而增加，因此分子泵如果直接抽取大气，反而无法显示出它的***性。
分子泵无法直接将气体压缩到常压，即无法直接对大气排气。基于分子泵的工作原理，在开启分子泵前必须配置一台辅助前级泵。