当长时间不使用时，还要定期地对其进行清洁。清洁时，可以先用软的细布擦去外壳的灰尘，然后再用清洁剂和水对其认真地进行清洁。接着再对玻璃平板进行清洗，由于该面板的干净与否直接关系到图象的扫描质量，因此在清洗该面板时，先用玻璃清洁剂来擦拭一遍，接着再用软干布将其擦干擦净。
如果发现扫描仪在使用过程中有噪音，那可能是滑动杆缺油或其上面积垢了。先打开锁紧装置，拧开滑杆螺丝，将镜头组件与皮带分开，抽出滑杆，用纸巾清洁滑杆、镜组上的滑杆套环、齿轮组。清洁完毕后重新组装，并在滑杆和齿轮组上涂少许润滑油，来回滑动几下，然后擦掉多余的润滑油，并调整皮带的松紧。这样噪音问题就可以基本解决。
扫描仪可以接受多类原稿，大致可以分为反射介质原稿和透射介质原稿两种。反射介质包括：印刷品、纸上手绘插图、相片以及实物等；透射介质包括：负片、彩色幻灯片、菲林胶片以及较大规格的透射片等。