压缩制造中的难点：许多内芯板和半固化板是叠加的，在冲压生产中很容易出现滑板、分层、树脂空隙和气泡残留等问题。在层合结构的设计中，应充分考虑到材料的耐热性、耐压性、含胶量和介电厚度等因素，制定合理的高多层PCB电路板材压制方案。由于层数多，膨胀收缩控制和尺寸系数补偿不能保持一致性，薄层间绝缘层很容易导致层间可靠性试验失败。
内部电路制作的难点：高层PCB电路板选用高TG、高速、高频、厚铜、薄介质层等特殊材料，对内部电路制作和图形尺寸控制提出了很高的要求。例如，阻抗信号传输的完整性增大了内部电路制造的难度系数。线宽和线间距小，开路和短路增多，短路增多，合格率低;
层间对准的难点：由于高多层PCB电路板层数很多，客户对PCB电路板的层校准要求也是越来越高。一般来说，层相互间的对准公差控制在75微米。考虑到高层PCB电路板板单元尺寸大、图形变换车间环境温湿度大、不同芯板不一致性导致的位错重叠、层间定位方式等，使得高层板的对中控制会更为困难。