数控深孔钻床经过反复试验，1个深孔加工动作宜采用“三级加工法”：定位钻削、导向钻削及正常钻削，称为“三级钻孔技术”。三级钻孔需要根据不同的钻孔深度采用不同的切削速度，目前机床自带的数控钻孔指令只能完成1个钻孔深度和1个切削速度。
深孔加工操作关键：主轴和刀具导向套、刀杆支撑套、工件支承套等中心线的同轴度应符合要求；切削液体系应疏通正常；工件的加工端面上不应有中心孔，并防止在斜面上钻孔；切屑形状应坚持正常，防止生成直带状切屑；选用较高速度加工通孔，当钻头行将钻透时，应降速或停机以防损坏钻头。
深孔钻按排屑方式分为外排屑和内排屑两类，外排屑的有枪钻、深孔扁钻和深孔麻花钻等，内排屑的因所用的枪钻加工系统不同，分BTA深孔钻、喷射钻和DF深孔钻3种，各类内排屑深孔钻可根据尺寸大小，采用焊接或机械夹固式可转位硬质合金刀片的结构。