化学灭鼠法又称药物灭鼠法，是应用广、效果好的一种灭鼠方法。药物灭鼠又可分为肠毒物灭鼠和熏蒸灭鼠。作为灭鼠所用的肠道灭鼠药，主要是有机化合物，其次是无机化合物和野生植物及其提取物。胃肠道灭鼠药要求对鼠有较好的适口性，不会拒食，毒力适当。由它为主制成各种毒饵，效果好，用法简便，用量大。其次是毒水、毒粉、毒胶、毒沫等。熏蒸灭鼠，如磷化铝、氯化苦可用于仓库、轮船熏蒸灭鼠。
在投放鼠药的同时，张贴警示，并向村民宣传辨识鼠药的技巧和投放鼠药时的注意事项，让村民在投放鼠药期间注意安全,防止孩子、宠物及鸟类等误食。
集中一次投药：很多养殖户在灭鼠时为了省事，将毒饵拌好后一次全部投下，每堆老鼠药投放量很多。此法用于急性鼠药尚可，若用于慢性鼠药，虽有一定灭鼠效果，但其毒力发挥远不如少量多次投药。