层间对准的难点：由于高多层PCB电路板层数很多，客户对PCB电路板的层校准要求也是越来越高。一般来说，层相互间的对准公差控制在75微米。考虑到高层PCB电路板板单元尺寸大、图形变换车间环境温湿度大、不同芯板不一致性导致的位错重叠、层间定位方式等，使得高层板的对中控制会更为困难。
内部电路制作的难点：高层PCB电路板选用高TG、高速、高频、厚铜、薄介质层等特殊材料，对内部电路制作和图形尺寸控制提出了很高的要求。例如，阻抗信号传输的完整性增大了内部电路制造的难度系数。线宽和线间距小，开路和短路增多，短路增多，合格率低;
与传统的PCB电路板产品相比较，高多层PCB电路板具备板厚多、层数多、线条密集、通孔多、单元尺寸大、介质层薄等特性，对内部空间、层间对准、阻抗控制和可靠性要求比较高。