排污许可证目前采用的是网上申领的方式，填一些表、传一些资料，只要符合条件，通过审查就能拿到证，程序并不复杂。但是问题来了，排污许可证是不是发完就了事了呢？不存在的！这就是为什么企业要严格按照排污许可证排污，不得超标、超总量的原因。查出问题之后不仅会撤销你的许可证，还可能视情节严重的程度对你进行处罚，现在有多个省市针对排污许可证后续问题，开展了拿证后监督检查。
企业提交的排污许可申请材料和守法承诺书是环保部门核发排污许可证的主要依据，《实施方案》明确提出企业应对申请材料的真实性、合法性、完整性负法律责任。环保部门对于申请材料完整、符合要求的企业，直接依法核发许可证。
核发的排污许可证是是企业排放污染物的“天花板”，是企业守法的基本要求，满足这些要求是企业基本的法定义务，这也是排污许可证作为企业守法、政府执法、公众监督依据的由来。换言之，对于应当承担的环保责任完全相同的两个企业，不论实际排放情况如何，排污许可证核定的排放量和管理要求将会是一致的。《方案》同时还规定了，对于申请材料存在疑问、企业环境信用不好、有环境举报投诉等情况的，环保部门可开展现场核查。