生物有机肥经高温腐熟，***了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生;精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
发酵一般采用好氧发酵技术，利用微生物的代谢活动来分解物料中的有机物质，使物料达到稳定和无害化。
生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活;而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境
