做好定期的保洁工作:扫描仪可以说是一种比较精致的设备，平时一定要认真做好保洁工作。扫描仪中的玻璃平板以及反光镜片、镜头，如果落上灰尘或者其他一些杂质，会使扫描仪的反射光线变弱，从而影响图片的扫描质量。为此，一定要在无尘或者灰尘尽量少的环境下使用扫描仪，用完以后，一定要用防尘罩把扫描仪遮盖起来，以防止更多的灰尘来侵袭。
检查扫描仪的缩紧装置是否已锁上。清洁工作必须在缩紧装置处于锁定的状态下进行，这一点千万不能忘记。用软布把扫描仪的外壳(不包括玻璃平板)擦拭一遍，除去表面的浮灰。然后再用一块湿布细擦，注意布不要太湿。在一些积垢很厚的地方，可以蘸一些清洁剂擦拭。
注意噪音污染——噪音污染往往容易被人们所忽视，无论足对人体还是对设备，都会有不同程度的伤害。在扫描图像时常常会出现噪音，噪音主要来源于电子电路的不稳定性和暗电流。噪音的存在会减小扫描仪的信噪比，而信噪比是扫描仪较重要的性能指标，信噪比越高，对有用信号的提取就越准确和清晰。当然环境噪音也会降低CCD传感器的光灵敏度，需加以避兔。