矮壮素有一定的毒性，露于空气中极易潮解，遇碱易潮解。做矮化剂使用时，多用于作物水肥条件好、群体有旺长之势的田块，地力差、长势弱的请勿使用。
矮壮素适用的蔬菜品种有辣椒、茄子、番茄、黄瓜、胡萝卜、萝卜、莴苣、土豆等瓜果类和块茎类蔬菜。但长期与皮肤接触有害，施药后应及时清洗。误食会引起中毒，症状为头晕、乏力及四肢麻木、瞳孔缩小、流口水、恶心、呕吐，重者出现抽搐和昏迷，严重的会造成死亡。对中毒者可采用一般急救措施，对症处理。
矮壮素作坐果剂使用时，可有效提高坐果率，但果实添堵下降，必须和硼肥混用才能较好地克服其副作用。