套袋果发生黑点和水锈主要与纸袋质量、果园通透性和气候条件有关，因此要选择规范优质的纸袋；果园应进行合理修剪，做到通风透光，可有效减轻套袋果发生黑点和水锈。
水果袋的果病害的预防。果实水果袋后易发生苦痘病、锈果病、日烧病、黑点和水锈等。果实苦痘病主要由于缺钙造成，发生该病害，应注意补充钙肥或于花后3～4周内连续喷布两次400倍氨基酸钙，可明显降低苦痘病的发生。锈果病发生在套袋果实上，呈现“花脸”症状，根据调查，苹果果实“花脸病”多发生在改接在国光砧木上的红富士，由于锈果病为病毒性的病害，尚未有有效的化学药剂防治，因此建议改接于国光上的红富士应避免套袋。
摘袋时间过早或过晚都达不到套袋的预期效果，过早摘袋，果面颜色暗，光洁度差；过晚除袋，果面颜色淡，贮藏易褪色。摘除双层袋时先沿袋切线撕掉外袋，待5—7天后再摘除内层袋；除单层袋时，打开袋底通风或将纸袋撕成长条，几天后即除掉。