电子内镜的送气、送水及吸引活检孔道设计与纤维镜相同，电子内镜光源内亦装有电磁气泵与送气、送水管道相通，内镜与光源接头处有吸引嘴与负压吸引端相接。
由于人体生理结构所限，为了能顺畅地进入人体，并且观察到特定部位的图像，胃肠镜都配有上、下、左、右四个角度。在使用过程中频繁打角度，久而久之，就会出现机械磨损的弊病，当然，要具体问题具体分析。
软镜一般采用浸泡消毒的方法，在消毒之前都要进行测漏，检查内镜的密封性。一旦发现有漏水现象，要及时处理，以免镜体进水，引起内部零件的腐蚀生锈，甚至CCD短路，造成更大的损失。