益生菌的自身结构如肽聚糖、脂磷壁酸等成分可作为抗原直接发挥作用，或者通过自分泌，刺激宿主系统，从而提高动物，增强机体固有细胞和自然杀伤细胞的活性，树突状细胞，刺激机体产生，并刺激 B 细胞分泌 ，益生菌可刺激肠道产生分泌性球蛋白 A（SIgA），保护机体健康。
机体中氧化物如氧自由基和羟基自由基等，含有未配对的电子，容易发生氧化还原反应，当机体中的氧化物过量时会导致机体产生氧化损伤。机体中存在着化系统，它们不断的清除机体合成的氧化物，维持着氧化物的动态平衡
研究表明，一个成年人体内细菌大概有1.5公斤，这么多的细菌，大部分为细菌中的“和平主义者”不会对人体有任何影响，只有其中一小部分属于致病细菌，另一部分是对人体有益的“益生菌”