医疗污水消毒工艺目前有三种，第1：二氧化氯消毒工艺；第二：紫外线消毒工艺；第三：臭氧消毒工艺。以上三种工艺二氧化氯消毒有余氯残留；紫外线消毒不彻底，细菌易滋生；臭氧消毒无危险物残留，杀菌效果可达99%以上，无需添加药剂等特点。综上所述，建议采用臭氧消毒设备工艺。
臭氧消毒设备的价格大概在每台几千元，便宜的有一两千元，贵的有好几万元。臭氧消毒设备的价格受多方面影响，如品牌、类别、规格、市场等。在选择购买之前，多方面地进行了解和对比是必要的。
医用污水处理的原则是：分质分流，局部分隔治理，把污染就近消灭在污染源。主要处理方法为沉淀与消毒。目前，我国常用的消毒剂为液氯，近年来，为了提高消毒效率及不产生二次污染多趋向采用臭氧化法消毒，消毒处理后均可达到排放标准。处理过程中产生的污泥常采用石灰消毒法及高温堆肥法进行处理。