电子内镜的送气、送水及吸引活检孔道设计与纤维镜相同，电子内镜光源内亦装有电磁气泵与送气、送水管道相通，内镜与光源接头处有吸引嘴与负压吸引端相接。
软镜一般采用浸泡消毒的方法，在消毒之前都要进行测漏，检查内镜的密封性。一旦发现有漏水现象，要及时处理，以免镜体进水，引起内部零件的腐蚀生锈，甚至CCD短路，造成更大的损失。
视频处理器的作用是将电子内窥镜CCD提供的模拟信号转换为二进制代码的数字信号，并可以用多种方式记录和保存图像，如：用录像机录制的方式保存清晰的动态图像；用35mm照相机在监视器图像“冻结”的状态下拍摄保存静止图像；用激光光盘记录动态或静止的图像；用软盘记录静止图像，等等。此外，电子内窥镜系统还可以与电子计算机相连，将患者的姓名、性别、年龄、主要症状、诊断结果等临床资料与所记录的各种图像存入计算机，通过编辑，可以打印检查报告，也便于患者随访和病历统计研究以及远程会诊和教学等。这种所谓的“图文工作站”可以与医院各科室的患者和图像资料工作站连网，实现医院的计算机管理。目前，电子内窥镜图文系统已广泛应用于各大医院，受到医生和患者的欢迎和好评。