微波干燥利用的是介质损耗原理，由于水是强烈吸收微波的物质，因而水的损耗因数比干物质大得多，能大量吸收微波能并转化为热能。
常规的加热方法,如蒸汽加热、电热、红外加热等要达到一定的温度,需要一定的时间,在发生故障或停止加热时,温度的下降又要较长时间.而微波干燥设备可在几秒的时间内迅速地将微波功率调到所需的数值,加热到适当的温度,便于自动化和连续化生产。
微波加热所产生的热量和被加热物的损耗有着密切关系.各种介质的介电常数在0.0001到0.5的范围内,所以各种物体吸收微波的能力有很大的差异.一般说介电常数大的介质很容易用微波加热,介电常数太小的介质就很难用微波加热.这就是微波干燥设备对物体具有选择性加热的特点。