在人工成本方面，冷库的工作环境差，对作业人员要求高。以25000吨规模冷库为例，土建多层冷库和传统装配式冷库一般需要大量人工劳作、操作设备和管理，以60人计算，按行业平均薪资水平估算，人工成本每年达到300多万元。
自动化高架冷库主流建设方式又分为库架分离式和库架一体式两种。库架分离式在设计和技术方面门槛较低、难度较小，但由于多了土建结构，建设成本等投资较大，空间有效利用率较低。库架一体式冷库具有造价低、结构稳定性好、空间利用率高、建设周期短等优势，为比较先进和理想的冷库建设方式，但技术难度大，国内仅少数厂商掌握其核心建造技术。
自动化高架冷库主要建设成本除了结构部分外，还包括了堆垛机、输送机、自控门、穿梭车等仓储自动化设备及控制系统，根据不同的冷库布局和吞吐量等，造价也不相同。