浮游动物微滤机对除变形虫外的原生动物、后生动物和软体动物去除率都高达百分之九十九以上，处理效果好。变形虫虽因其个体极小未被去除，但是会在后续滤砂池中去除。
随着水污染的加重，水质富营养化趋势加剧，浮游生物得以大量繁殖，给自来水厂的处理工作带来了困难，直接影响了城市供水水质。自来水厂用微滤机进行污水净化、处理，微滤机是新型的经济水处理设备
浮游植物微滤机对杆状藻类、链状丝状藻类、盘状藻类的去除率是百分之九十九以上；对球状藻类、团装藻类的去除率是百分之九十以上；对脱去胶衣的单体微囊藻去除率极低，去除率仅为百分之三十五-百分之四十。微滤机对可能产生毒愫的藻类去除效果很好，微囊藻虽然去除效果不好，但是会在后续砂滤池中被去除。