紫外线消毒器的结构设计和效率理想状态下的紫外消毒设备，不考虑流体动力学的影响，理论紫外剂量即为紫外消毒系统中每个紫外灯管所输出的紫外剂量之和。
各种系统中外罩密封石英套管的紫外线灯管都可以与水流方向垂直或平行布置。平行系统水力损失小、水流形式均匀，而垂直系统则可以使水流紊动，提高消毒效率。
在剂量计算时必须计入灯管的老化系数，而不能单考虑厂家对紫外灯管的保证寿命，目前市场上大多数的紫外灯管的老化系数在 50% 左右，个别厂家的灯管老化系数可达 80%左右。根据NWRI紫外协议规定紫外消毒系统灯管老化系数为0.5。