人体菌群应该保持在平衡状态，因此益生菌并不是越多越好，过度摄入和补充益生菌不仅不能对人体产生积极作用，还有可能导致人体脏器负荷过重，产生研究的负面作用，从而严重扰乱肠道环境
益生菌的自身结构如肽聚糖、脂磷壁酸等成分可作为抗原直接发挥免疫作用，或者通过自分泌免疫剂，宿主免疫系统，从而提高动物的免疫力，增强机体固有免疫细胞和自然杀伤细胞的活性，树突状细胞，机体产生细胞因子，并 B 细胞分泌抗体 ，益生菌可肠道产生分泌性球蛋白 A（SIgA），保护机体健康。
酵母菌：目前研究发现酵母菌具有调节肠道平衡、促进饲料转化以及提高机体免疫功能等良好的益生特性，多作为饲料添加剂用于畜禽养殖。研究较多的酵母菌有酿酒酵母属、德尔布有孢圆酵母属、假丝酵母属、威克汉姆酵母属、毕赤酵母属、布拉氏酵母属、白球拟酵母属、薛瓦酵母属、深红酵母属、粟酒裂殖酵母属、鲍氏酵母属