根茎药材收获机易发生危险的部位，如传动机构、分离机构、挖掘装置等处应设有防护装置，并有明显的警示标志。收获机配套的拖拉机须通过农机监理部门的年度技术状态审验，拖拉机应处于良好的技术状态。操作人员应接受过专门根茎类机械化收获技术训练，并取得相应的拖拉机***和农业机械使用证书，按时接受审验并合格。根茎类收获机在收获时，不允许任何人用手或脚触摸机组的工作部件。
拖拉机拖动药材收获机。通过拖拉机后升降臂，中间拉杆连接固定收获机，调节好深度，然后开动机器，松土铲插土壤中，将药材的根茎从土壤中铲出，根茎连同土块进入振动筛上，对包裹药材根茎的土块进行振动操作，振动掉一部分土块。振动后的土块和药材根茎进入前传输带上，再漏掉一部分土块，在前传输带运输的过程中，前压辊可以把大的土块碾压成小的土块，再进入到后压棍组中，对小的土块进行进一步碾压，经过碾压处理后的土块和药材根茎进入后传输带上，压碎的土块经后传输带漏掉，后传输带将药材送入回收箱内，完成药材的收割回收。
在田间作业中驾驶员对拖拉机的控制要保证尽量直线行驶，不要随意改变前进的方向。要保持直线稳定直线行驶，就要使作业中配套收获机的阻力中心线处在拖拉机的中心线（或比较靠近），收获机的纵轴与行驶方向一致，否则，就会产生偏转力矩，造成收获机左右摇摆偏离前进的中心线，形成曲线行使，增加机组工作阻力，影响作业效率和作业质量。