翻堆。在发酵过程中注意观察温度，当温度达6 0℃时，每5～7天翻堆1次，连续翻3～4次，直至发酵结束。有机肥槽式翻堆机更适合微生物发酵物料成肥的作用机理和工艺要求，能有效地把粘稠猪粪堆肥物料与微生物制剂、秸秆粉拌匀。为猪粪发酵创造了更好的好氧环境。猪粪等物料在这种松散物料性状下，7-12小时除臭、一天升温、三天开始干爽、五至七天成肥，不仅比深槽发酵速度快的多，还有效防止了发酵过程中、氨气、***等有害、恶臭气体的产生，即符合环保要求，又能生产上好的生物有机肥。
微生物***是微生物肥料产品的***，生物有机肥也是如此。生物有机肥生产过程中，有两个环节涉及微生物的使用：先要选择适用于原料降解腐熟去臭的微生物，如纤维分解菌、半纤维分解菌、木质素分解菌以及耐高温发酵菌群等，包括丝状真菌、酵母菌、芽孢菌、醋酸菌以及防线菌等。其次是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以固氮菌、溶磷菌、硅酸盐细菌、乳酸菌、假单孢菌、芽孢***、***等为主，在产品中发挥特定的肥料效应。
有机肥制作设备的制作顺序首先堆肥原料运到堆场后，经磅秤称量后，送到混合搅拌装置，与厂内生产、生活有机废水混合，加入复合菌，并按原料成分粗调堆肥料水分、碳氮比，混合后进入下一工序。