医疗污水消毒工艺目前有三种，第1：二氧化氯消毒工艺；第二：紫外线消毒工艺；第三：臭氧消毒工艺。以上三种工艺二氧化氯消毒有余氯残留；紫外线消毒不彻底，细菌易滋生；臭氧消毒无危险物残留，杀菌效果可达99%以上，无需添加药剂等特点。综上所述，建议采用臭氧消毒设备工艺。
医用污水处理的原则是：分质分流，局部分隔治理，把污染就近消灭在污染源。主要处理方法为沉淀与消毒。目前，我国常用的消毒剂为液氯，近年来，为了提高消毒效率及不产生二次污染多趋向采用臭氧化法消毒，消毒处理后均可达到排放标准。处理过程中产生的污泥常采用石灰消毒法及高温堆肥法进行处理。
臭氧消毒是指以臭氧作为消毒剂的水处理技术。臭氧是一种强氧化剂，溶于水后，直接或利用反应中生成的大量经基自有基及新生态氧间接氧化水中的无机物、有机物，并进入细菌的细胞内氧化胞内有机物，从而达到杀菌消毒、净化水质的目的，与加氯消毒相比，臭氧消毒剂髦小、作用快、消毒效果更佳，同时可以改善水的口感和观感。