有机施肥还显著增加了与土壤氮循环相关的功能基因的拷贝数。同时，施用有机肥和有机无机复合肥也能减少土壤有机质的分解，有助于土壤有机质的积累和土壤团粒结构。这些研究结果为增加有机肥施用量和减少化肥施用量提供了重要的理论支持。
植物有益菌群的丰富度增加，而嗜酸环境中的嗜酸菌明显减少。这是长期施用有机肥抑制土壤酸化的根本原因。
有机肥生产线选择适当的生产时间。 由于中国大部分地区位于北部温带地区，因此雨季集中在6月，7月和8月，并且这段时间也较高。 因此，肥料在春季，深秋和冬季生产。 结块的可能性也较低。