中药粉碎可能会出现破壁效果不好的问题：中药材的细胞直径一般在10至50微米之间，一部分达到70微米，所以粉碎到两三百目，仅仅有部分细胞开始破壁，要达到以提高***为目的的破壁，应该将细度底线设定到500目(等比直径25微米)左右才比较好。而现在的一般性超微粉碎机对于中药材都很难达到这一要求。
使用前要仔细检查设备在运输中是否受损，然后把主机、辅机及电箱装置到位，再接通主机和辅机间的管道，管道连接须确保其密封性，同时各单机、管道和法兰均用导线联接起来并可靠接地。每台单机试运转以前，检查机内是否存在金属物品，如有即排去。检查螺栓是否坚固，皮带松紧是否适宜，防护罩是否可靠。然后对设备进行试运行，观察并检查是否正常。
中药粉碎机存在温度过高的问题，因为中药多数具有活性成分，在粉碎处理当中，对温度有着较高的要求，如果一味追求高转速所带来的冲击力，往往造成温度过高，药材失效。
