中药粉碎可能会出现破壁效果不好的问题：中药材的细胞直径一般在10至50微米之间，一部分达到70微米，所以粉碎到两三百目，仅仅有部分细胞开始破壁，要达到以提高药效为目的的破壁，应该将细度底线设定到500目(等比直径25微米)左右才比较好。而现在的一般性超微粉碎机对于中药材都很难达到这一要求。
中药粉碎机技术问题详细的分析：解决药效学验证的问题。药效学的原理是说明中药粉碎后对有效成分是否保存及增强药效的较有力的验证手段。对于中药被粉碎后可显著提高药材的药效学活性这一观点，专家认为其还待研究和验证。
中药粉碎机在使用的时候要注意：若遇到电源电压过低时请勿使用，以免损坏电动机。在电源电压正常时使用，机器不易损坏，生产效率还高。生产过程中，应经常检查轴承是否升温，如机件温升超过50℃时，应加大水流量，以确保机器正常运转。易损件应经常断电后检查，及时更换，确保产量和其它机件，刀片、导流圈要经常检查磨损情况，如果磨损则产量下降，粒度变大，这时应及时更换。