地埋式化粪池的清掏周期一般是3个月、半年或者一年，清掏出来的污泥可以作为有机 肥料，或者进行无害化处理。但是随着化肥的广泛应用，使用粪便肥料的农民越来越少。而我国污泥处理技术严重滞后，无害化处理不足。我国每年可以产生上亿吨的粪便污泥，进行无害化处理的却只有上千万吨。粪便污泥的清掏转移，造成了二次污染。
地埋式化粪池内部含有许多有毒气体，如硫1化氢、1氧化碳、甲1烷和沼气。如果不采取任何预防措施来清理，如果人体吸入这些气体，人体很容易***。
成品地埋式水泥化粪池有生物病原体危害。废置井、污水管道、化粪池、沼气池等，其内的各类有害细菌、病毒、钩端螺旋体等生物病原体都可能致病。过冷、过热的密闭空间也施工人员也可能带来伤害，湿滑的表面有导致施工人员摔伤的危险，清洗大型蓄水池、输水管时，有遇溺的危险；进行人工挖孔桩作业时，防止有坍塌的危险。