检查扫描仪的缩紧装置是否已锁上。清洁工作必须在缩紧装置处于锁定的状态下进行，这一点千万不能忘记。用软布把扫描仪的外壳(不包括玻璃平板)擦拭一遍，除去表面的浮灰。然后再用一块湿布细擦，注意布不要太湿。在一些积垢很厚的地方，可以蘸一些清洁剂擦拭。
注意噪音污染——噪音污染往往容易被人们所忽视，无论足对人体还是对设备，都会有不同程度的伤害。在扫描图像时常常会出现噪音，噪音主要来源于电子电路的不稳定性和暗电流。噪音的存在会减小扫描仪的信噪比，而信噪比是扫描仪较重要的性能指标，信噪比越高，对有用信号的提取就越准确和清晰。当然环境噪音也会降低CCD传感器的光灵敏度，需加以避兔。
扫描仪可以接受多类原稿，大致可以分为反射介质原稿和透射介质原稿两种。反射介质包括：印刷品、纸上手绘插图、相片以及实物等；透射介质包括：负片、彩色幻灯片、菲林胶片以及较大规格的透射片等。