定期进行清洁——由于扫描仪的静电特性，灰尘和污物十分容易吸附、堆积，使光学器件、传动器件的功效受到极人的影响。长期这样内部机械部件会受到磨损，扫描仪会发生扫描声响大、图像错位、图像模糊等问题，因此清洁是扫描仪保养至关重要的步骤。清洁工作主要是对扫描的镜头组件、机械部件进行清洁、维护，以达到保证扫描仪的扫描质量、延长寿命的目的。
扫描仪可以接受多类原稿，大致可以分为反射介质原稿和透射介质原稿两种。反射介质包括：印刷品、纸上手绘插图、相片以及实物等；透射介质包括：负片、彩色幻灯片、菲林胶片以及较大规格的透射片等。
扫描仪在工作时请不要中途切断电源，一般要等到扫描仪的镜组完全归位后，再切断电源，这对扫描仪电路芯片的正常工作是非常有意义的。