紫外线消毒器的结构设计和效率理想状态下的紫外消毒设备，不考虑流体动力学的影响，理论紫外剂量即为紫外消毒系统中每个紫外灯管所输出的紫外剂量之和。
不同的结构设计、不同的灯管排布方式、设备内部水利条件，都使紫外消毒设备的效率（即：有效紫外剂量/理论紫外剂量）不同，不同设备商的紫外消毒设备效率有较大差别，低的小于 50%，高的可达到 70% 以上。因此紫外消毒系统中所用的灯管数量不能取决于单根灯管的紫外输出能量，要考率紫外消毒设备的紫外能量利用率。
有的消毒器在筒体加装了螺旋形叶片以改变水流的运动状态而避免出现死水和管道堵塞，所产生的紊流以及叶片锋利的边缘会打碎悬浮固体，使附着的微生物完全暴露于紫外线的辐射中，提高了消毒效率。
