由于扫描仪在工作中会产生静电，从而吸附大量灰尘进入机体影响镜组的工作。因此，不要用容易掉渣儿的织物来覆盖(绒制品，棉织品等)，可以用丝绸或蜡染布等进行覆盖，房间适当的湿度可以避免灰尘对扫描仪的影响。
注意噪音污染——噪音污染往往容易被人们所忽视，无论足对人体还是对设备，都会有不同程度的伤害。在扫描图像时常常会出现噪音，噪音主要来源于电子电路的不稳定性和暗电流。噪音的存在会减小扫描仪的信噪比，而信噪比是扫描仪较重要的性能指标，信噪比越高，对有用信号的提取就越准确和清晰。当然环境噪音也会降低CCD传感器的光灵敏度，需加以避兔。
稳定的电源供电是任何电子设备的基本工作要求。在多数情况下，应将扫描仪接存一个有合格的保护器的电源上，以避免因电源的快速变化而损坏扫描仪。急变保护器的种类繁多，购买时应注意是否与扫描仪匹配。这种保护装置在使用一段时间后会失去保护功能，应及时更换。