由于扫描仪在工作中会产生静电，从而吸附大量灰尘进入机体影响镜组的工作。因此，不要用容易掉渣儿的织物来覆盖(绒制品，棉织品等)，可以用丝绸或蜡染布等进行覆盖，房间适当的湿度可以避免灰尘对扫描仪的影响。
定期进行清洁——由于扫描仪的静电特性，灰尘和污物十分容易吸附、堆积，使光学器件、传动器件的功效受到极人的影响。长期这样内部机械部件会受到磨损，扫描仪会发生扫描声响大、图像错位、图像模糊等问题，因此清洁是扫描仪保养至关重要的步骤。清洁工作主要是对扫描的镜头组件、机械部件进行清洁、维护，以达到保证扫描仪的扫描质量、延长寿命的目的。
要保护好光学部件;扫描仪在扫描图象的过程中，通过一个叫光电转换器的部件把模拟信号转换成数字信号，然后再送到计算机中的。这个光电转换设置非常精致，光学镜头或者反射镜头的位置对扫描的质量有很大的影响。因此在工作的过程中，不要随便地改动这些光学装置的位置，同时要尽量避免对扫描仪的震动或者倾斜。遇到扫仪出现故障时，不要擅自拆修，一定要送到厂家或者指定的维修站去；另外在运送扫描仪时，一定要把扫描仪背面的安全锁锁上，以避免改变光学配件的位置。