当长时间不使用时，还要定期地对其进行清洁。清洁时，可以先用软的细布擦去外壳的灰尘，然后再用清洁剂和水对其认真地进行清洁。接着再对玻璃平板进行清洗，由于该面板的干净与否直接关系到图象的扫描质量，因此在清洗该面板时，先用玻璃清洁剂来擦拭一遍，接着再用软干布将其擦干擦净。
检查扫描仪的缩紧装置是否已锁上。清洁工作必须在缩紧装置处于锁定的状态下进行，这一点千万不能忘记。用软布把扫描仪的外壳(不包括玻璃平板)擦拭一遍，除去表面的浮灰。然后再用一块湿布细擦，注意布不要太湿。在一些积垢很厚的地方，可以蘸一些清洁剂擦拭。
安装或移动扫描仪时，一定要记住使用扫描仪上的锁紧装置。扫描仪内部有许多光学器件和机械传动部件，移动扫捕仪时这螳器什极易受到挤压、碰撞。因此必须及时将扫描仪的易碎部分、活动部分固定好，尤其要注意扫描仪的导轨，移动或翻转时千万不要忘记固定、锁紧它。锁紧装置通常设在扫描仪的底部或背部。