根茎药材收获机易发生危险的部位，如传动机构、分离机构、挖掘装置等处应设有防护装置，并有明显的警示标志。收获机配套的拖拉机须通过农机监理部门的年度技术状态审验，拖拉机应处于良好的技术状态。操作人员应接受过专门根茎类机械化收获技术训练，并取得相应的拖拉机操作证和农业机械使用证书，按时接受审验并合格。根茎类收获机在收获时，不允许任何人用手或脚触摸机组的工作部件。
在机组的田间作业中对机具提升和下降的操作，应使用力调节液压手柄操作，处于工作状态时应在力调节位置，这样主要是保证机组在作业中拖拉机和机具之间有小范围相对的浮动，在遇到地面不平和土壤比阻突然发生变化的瞬间，拖拉机和农具之间的上下运动在3-8厘米的范围内是可变化的，不至于损坏机具。
在田间作业中驾驶员对拖拉机的控制要保证尽量直线行驶，不要随意改变前进的方向。要保持直线稳定直线行驶，就要使作业中配套收获机的阻力中心线处在拖拉机的中心线（或比较靠近），收获机的纵轴与行驶方向一致，否则，就会产生偏转力矩，造成收获机左右摇摆偏离前进的中心线，形成曲线行使，增加机组工作阻力，影响作业效率和作业质量。