根茎类收获机发生故障和保养时，须将根茎类收获机停稳并切断拖拉机输出轴的动力后，缓缓降下根茎类收获机，在拖拉机熄火、药材收获机制动状态下，方可按相应规定进行故障排除、维修和保养。
根茎药材收获机易发生危险的部位，如传动机构、分离机构、挖掘装置等处应设有防护装置，并有明显的警示标志。收获机配套的拖拉机须通过农机监理部门的年度技术状态审验，拖拉机应处于良好的技术状态。操作人员应接受过专门根茎类机械化收获技术训练，并取得相应的拖拉机操作证和农业机械使用证书，按时接受审验并合格。根茎类收获机在收获时，不允许任何人用手或脚触摸机组的工作部件。
根茎类中药材大多生长在地表以下20－35厘米的土壤中，其中一部分比较大的和长根类的深度可达到40－60厘米，机组作业负荷较大；有些根茎类中药材含水很高，非常嫩脆，容易断裂破损，对机械化收获作业的要求较高。