排污许可证目前采用的是网上申领的方式，填一些表、传一些资料，只要符合条件，通过审查就能拿到证，程序并不复杂。但是问题来了，排污许可证是不是发完就了事了呢？不存在的！这就是为什么企业要严格按照排污许可证排污，不得超标、超总量的原因。
环保的部门在核发许可证之前应结合管理要求和部门掌握的情况，对申请材料进行认真审核。审核主要包括以下几个方面：申请排污许可证的企事业单位的生产工艺和产品不属于国家或地方明确规定予以淘汰或取缔的；
为较好的判断污染治理措施发生变化后环境影响变化情况，环保的部门将依据排污许可证推进时间进度安排，按行业逐步出台各行业污染治理佳可行技术指南，如果企业治理措施的变化均在可行技术范围内，且不新增污染物种类，则认为其污染物排放量在允许范围内，无需申请变更排污许可证；如不在此范围内，企业需要提供证明材料和监测数据，并向环保的部门申请变更排污许可证。