排污许可证目前采用的是网上申领的方式，填一些表、传一些资料，只要符合条件，通过审查就能拿到证，程序并不复杂。但是问题来了，排污许可证是不是发完就了事了呢？不存在的！这就是为什么企业要严格按照排污许可证排污，不得超标、超总量的原因。
在不属于环境影响评价制度有关规范性文件确定的重大变更的情形下，企业污染治理措施发生变化时，如果有利于减少污染物的排放或者不增加污染物排放，这是允许的，不需要向环保的部门申请变更排污许可证，但需在按规定上报的执行报告中予以详细说明；
对于应当承担的环保责任完全相同的两个企业，不论实际排放情况如何，排污许可证核定的排放量和管理要求将会是一致的。《方案》同时还规定了，对于申请材料存在疑问、企业环境信用不好、有环境举报投诉等情况的，环保的部门可开展现场核查。