污染防治措施是确保企业按证排污的前提和保障，但许可证制度设计中并未将其纳入许可事项，主要从鼓励企业不断提高污染治理水平的角度考虑。
企业提交的排污许可申请材料和守法承诺书是环保的部门核发排污许可证的主要依据，《实施方案》明确提出企业应对申请材料的真实性、合法性、完整性负法律责任。环保的部门对于申请材料完整、符合要求的企业，直接依法核发许可证。
申请的排放浓度符合国家或地方规定的相关标准和要求，排放量符合相关要求，对新改扩建项目的排污单位，还应满足环境影响评价文件及其批复的相关要求；排污口设置符合国家或地方的要求等。