环保的部门在核发许可证之前应结合管理要求和部门掌握的情况，对申请材料进行认真审核。审核主要包括以下几个方面：申请排污许可证的企事业单位的生产工艺和产品不属于国家或地方明确规定予以淘汰或取缔的；
企业提交的排污许可申请材料和守法承诺书是环保的部门核发排污许可证的主要依据，《实施方案》明确提出企业应对申请材料的真实性、合法性、完整性负法律责任。环保的部门对于申请材料完整、符合要求的企业，直接依法核发许可证。
在不属于环境影响评价制度有关规范性文件确定的重大变更的情形下，如果污染治理措施发生的变化导致增加污染物排放量，企业则需要申请变更排污许可证。