核酸（DNA）对于波长250-260mm的紫外线，有特别容易吸收的倾向。这就是为什么这种波长的紫外线杀菌能力较强的缘故。按照要杀灭的微生物所需的紫外线照射量进行来菌处理，而又不使水质发生任何变化，在极短时间内进行一闪性灭菌，效果良好。而且，这种处理是在直管流通型的装置内完成的。在紫外线杀菌方面，杀菌力的大小以相对于处理水时的紫外线照射量mw.s/cm2(紫外线照射强度[mw/cm2时间]）来表示。
紫外消毒技术在足够辐照强度下，具有极高的杀菌效率。杀菌效率一般能达到99％以上。并且杀菌时间极短，在1秒只能能够被灭活。传统臭氧等化学消毒方法要达到一般要混合6分钟以上。
紫外线杀菌器相对臭氧杀菌器，具有能量消耗小，无大的混合器，无鱼腥味等优点，不仅感观好，而且减小运行成本。紫外线灯的温度特性：以前，一般使用的有低压灯，在周围温度40-50的条件上，照射率达到峰值，若在水温较低的情况下，则杀菌效率降低，这一点必须考虑到。