种子冷库建造就是为了长时间的保存，温度应该控制在零下十度到零下二十度之间，同时温度也不可以超过60%，国际上对于种子长时间存放建议控制在零下十八度的温度，种子含水量达到5%左右比较好，如果放入到不透气的容器内，那么种子预期保存的寿命可以达到30到50年，或者也可以延长更多的时间。
各种水果冷库入库前要进行预冷，入库温度为8℃-10℃。入库时果箱要垛放整齐，一般可垛2。5米高，垛宽2米，果箱之间留5-10厘米的间隙，两垛之间留30厘米左右通道，以利通风。入库完毕，在5-7天内逐步降到0℃-5℃（即临界点），空气湿度控制在90-95%，每2-3天通风换气一次，时间大约半小时。
在冷库建造运转时，制冷系统蒸发器会产生冷凝水或者冷库结霜、机组关闭后也会产生水。如果不及时排水的话，会对冷库使用产生影响的，在冷库安装过程中，排水系统安装是很重要的。