紫外线杀菌器各种系统中外罩密封石英套管的紫外线灯管都可以与水流方向垂直或平行布置。平行系统水力损失小、水流形式均匀，而垂直系统则可以使水流紊动，提高消毒效率。
封闭式紫外线杀菌器属承压型，用金属筒体和带石英套管的紫外线灯把被消毒的水封闭起来。筒体常用不锈钢或铝合金，多作抛光处理以提高对紫外线的反射能力和增强辐射强度，还可根据处理水量的大小调整紫外灯的数量。
紫外线杀菌器在剂量计算时必须计入灯管的老化系数，而不能单考虑厂家对紫外灯管的保证寿命，目前市场上大多数的紫外灯管的老化系数在 50% 左右，个别厂家的灯管老化系数可达 80%左右。根据NWRI紫外协议规定紫外消毒系统灯管老化系数为0.5。